เป็นการตรวจวิเคราะห์ชนิดและความสมดุลของจุลินทรีย์ในตัวอย่างอุจจาระ รวมถึงแบคทีเรียและจุลชีพอื่น ๆ เพื่อให้เห็นภาพรวมขององค์ประกอบจุลชีพในลำไส้และความหลากหลายของไมโครไบโอมในระบบทางเดินอาหาร
ใช้ประเมินสุขภาพลำไส้อย่างละเอียดมากขึ้นเมื่อมีปัญหาการย่อยอาหารเรื้อรัง มีข้อกังวลด้านภูมิคุ้มกัน หรือมีอาการที่ไม่ทราบสาเหตุ รวมถึงเมื่อต้องการภาพรวมเกี่ยวกับความสัมพันธ์ระหว่างจุลินทรีย์ในลำไส้กับสุขภาพ