เปรียบเทียบดีเอ็นเอจีโนมทั้งในบริเวณที่ถ่ายทอดรหัสโปรตีน (coding) และบริเวณที่ไม่ได้ถ่ายทอดรหัสโปรตีน (non-coding) ของผู้ป่วยต้นแบบ (proband) กับของพ่อและแม่ทางสายเลือดทั้งสองคน
ใช้ตรวจวิเคราะห์อย่างกว้างสำหรับภาวะทางพันธุกรรมที่ซับซ้อน พร้อมช่วยพิจารณาว่าความแปรผันที่พบเป็นความแปรผันที่ได้รับถ่ายทอดมาหรือเกิดขึ้นใหม่